Investigation of the effect of curcumin on helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/s-adenosylhomocysteine nucleosidase with molecular dynamics method

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorYıldırım, Ahmet
dc.contributor.authorSaeed, Mahdı Ibrahım Saeed
dc.date.accessioned2024-12-24T18:12:25Z
dc.date.available2024-12-24T18:12:25Z
dc.date.issued2018
dc.departmentEnstitüler, Fen Bilimleri Enstitüsü, Fizik Ana Bilim Dalı
dc.descriptionFen Bilimleri Enstitüsü, Fizik Ana Bilim Dalı, Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı
dc.description.abstractHelikobakter pilori (H. pilori), gastrik ülsere ve mide enfeksiyonlarına neden olan bir bakteridir. H. pilori, metiyonin ve purin kurtarma yolları, futalosin yolu ve poliamin biyosentezi gibi çoğu bakteriyel metabolik işlemlerde 5?-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase (MTAN) proteinine ihtiyaç duyar. MTAN proteini, bakteriyel metabolizmada ve bakteriler arası iletişimde önemli bir rol oynadığı için, H. pilori gelişimini önlemede önemli bir hedef inhibitör olabilir. Doğal bir bileşik olan kurkumin, H. pilori gelişimine karşı etkili bir inhibitör olarak varsayılabilir. Bu çalışmada, Moleküler Dinamik simülasyon yöntemiyle HpMTAN'ın konformasyonel yapısı ve dinamikleri üzerine kurkumin'in etkisini araştırdık. Kurkumin, HpMTAN'ın tek bir zincirine ve her iki zincirine bağlıyken, HpMTAN'ın davranışlarını karşılaştırdık. Elde edilen sonuçlara göre; kurkuminin yaklaşık olarak -8 kcal/mol'lük yüksek bir bağlanma enerjisiyle HpMTAN'a bağlandığı ve aktif sitedeki bazı rezidülerle Hidrojen bağı oluşturduğu tespit edildi. Ayrıca, HpMTAN'a kurkumin bağlanması büyük konformasyonel değişiklere ve rezidü dalgalanmalarına neden olmadığı ancak HpMTAN'ın ara ve iç zincir korelasyonlarını arttırdığı gözlemlenmiştir.
dc.description.abstractHelicobacter pylori (H. pylori) is a bacteria that causes gastric ulcers and stomach infections. H. pylori requires the protein 5?-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase (MTAN) for many bacterial metabolic processes including the methionine and purine salvage pathways, the futalosine pathway, and polyamine biosynthesis. Since MTAN plays an important role in bacterial metabolism and communication, it can be an important inhibitor target to prevent H. pylori growth. A natural compound curcumin can be considered as potent inhibitor against H. pylori growth. In this study, we investigated the effect of curcumin on the conformational structure and dynamics of HpMTAN using Molecular Dynamics simulations. We compared the behavior of HpMTAN when curcumin is bound to single and both chain(s) of HpMTAN. Our results reveal that curcumin has a high binding energy of around -8 kcal/mol with HpMTAN and forms Hydrogen bonds with some active site residues. In addition, it was observed that curcumin binding to HpMTAN does not cause large conformational changes and large residue fluctuations, however, it arises both inter and intra chain correlations of HpMTAN.
dc.identifier.endpage61
dc.identifier.startpage1
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=fS4sqEZr79C_n60Rk6MjFU0sfUyWQtC9-euftcFfJaGo0OKSZXyJFGXHyTXYnI9q
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12604/2872
dc.identifier.yoktezid521523
dc.language.isoeg
dc.publisherSiirt Üniversitesi
dc.relation.publicationcategoryTez
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.snmzKA_20241218
dc.subjectBiyofizik
dc.subjectBiophysics
dc.subjectFizik ve Fizik Mühendisliği
dc.titleInvestigation of the effect of curcumin on helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/s-adenosylhomocysteine nucleosidase with molecular dynamics method
dc.title.alternativeKurkuminin helikobakter pilori 5'-methylthıoadenosıne/s-adenosylhomocysteıne nucleosıdase üzerine etkisinin moleküler dinamik yöntemi ile incelenmesi
dc.typeMaster Thesis

Dosyalar

Koleksiyon

1) Tez