SARS-CoV-2 ana proteaz-nirmatrelvir ve molnupiravir kompleks yapılarının moleküler dinamik simülasyonları

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorYıldırım, Ahmet
dc.contributor.authorGöger, İzzet
dc.date.accessioned2024-12-24T18:13:28Z
dc.date.available2024-12-24T18:13:28Z
dc.date.issued2023
dc.departmentEnstitüler, Fen Bilimleri Enstitüsü, Fizik Ana Bilim Dalı
dc.descriptionFen Bilimleri Enstitüsü, Fizik Ana Bilim Dalı, Fizik Bilim Dalı
dc.description.abstractSARS-CoV-2 Mpro enzimi, SARS-CoV-2 virüsünün viral replikasyonuna ve yayılmasına aracılık ettiği için önemli bir ilaç hedefi olarak varsayılmaktadır. Bu çalışmada Nirmatrelvir ve Molnupiravir ligandlarının SARS-CoV-2 Mpro'nun konformasyonel ve dinamik yapısı üzerindeki etkileri moleküler dinamik simülasyonlar kullanılarak incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, SARS- CoV-2 Mpro yapılarında, aktif sitelerin etkileşim halinde olduğu ve Nirmatrelvir'in asimetrik bir inhibitör olabileceğini göstermiştir. Molnupiravir'in ise simetrik bir inhibitör olduğu ve SARS-CoV-2 Mpro'nun her iki zinciri üzerinde benzer etkileri olduğu görülmüştür. Ayrıca, SARS-CoV-2 Mpro'nun yapısının kararlı yapıda olduğu ve Nirmatrelvir-SARS-CoV-2 Mpro ve Molnupuravir- SARS-CoV-2 Mpro yapılarının farklı dinamiklere sahip olduğunu gösterilmiştir. Sonuç olarak, Nirmatrelvir ve Molnupiravir, SARS-CoV-2 Mpro'nun konformasyonel yapısı üzerinde belirgin değişikliklere neden olmadan SARS-CoV-2 Mpro'nun dinamikleri üzerinde önemli değişikliklere yol açmıştır. Bu çalışmanın, SARS-CoV-2 Mpro'ya yönelik etkili inhibitörlerin tasarımı ve gelişimine katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
dc.description.abstractThe SARS-CoV-2 Mpro enzyme is considered an important drug target as it is involved in the viral replication and spread of the SARS-CoV-2 virus. In this study, the effects of Nirmatrelvir and Molnupiravir ligands on the conformational and dynamic structure of SARS-CoV-2 Mpro were investigated using molecular dynamics simulations. The results showed that active sites interact in SARS-CoV-2 Mpro structures and Nirmatrelvir was found to be an asymmetric inhibitor. On the other hand, Molnupiravir was shown to be a symmetric inhibitor with similar effects on both chains of SARS-CoV-2 Mpro. Additionally, it was demonstrated that the structure of SARS-CoV-2 Mpro is stable, and the Nirmatrelvir-SARS-CoV-2 Mpro and Molnupiravir-SARS-CoV-2 Mpro complexes exhibit different dynamics. In conclusion, Nirmatrelvir and Molnupiravir induce significant changes in the dynamics of SARS-CoV-2 Mpro without causing significant changes on its conformational structure. It is thought that this study will contribute to the designing and development of potent inhibitors targeting SARS-CoV-2 Mpro.
dc.identifier.endpage49
dc.identifier.startpage1
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8ruyPzO7M1TKXo3cVqaspQZo28GWRxBHdrKCfCU6JTEky
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12604/3471
dc.identifier.yoktezid808891
dc.language.isotr
dc.publisherSiirt Üniversitesi
dc.relation.publicationcategoryTez
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.snmzKA_20241218
dc.subjectBiyofizik
dc.subjectBiophysics
dc.titleSARS-CoV-2 ana proteaz-nirmatrelvir ve molnupiravir kompleks yapılarının moleküler dinamik simülasyonları
dc.title.alternativeSARS-CoV-2 main protease-nirmatrelvir and molnupiravir molecular dynamic simulations of complex structures
dc.typeMaster Thesis

Dosyalar

Koleksiyon

1) Tez