Antepfıstığında Yeni Nesil Sekanslama: Genomun Taranması, Mikrosatellit (SSR) Markörlerin Geliştirilmesi ve İlk Referans Genetik Haritanın Oluşturulması
[ X ]
Tarih
2017
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Antepfıstıgının dioik çiçek yapısına sahip olması ve gençlik kısırlıgı döneminin çok uzun olması nedeniyle ıslah programlarının süresi diger meyve türlerine göre oldukça uzundur. Bu nedenle, antepfıstıgında önemli fenotipik özellikler ile iliskili DNA markörleri gelistirmek için genetik haritaların olusturulmasına gereksinim vardır. F1 bitkilerde genetik harita olusturmak için en önemli markör tekniklerinden biri SSR?dır. Antepfıstıgında bugüne kadar gelistirilen SSR markörler referans harita olusturmak için yeterli sayıda degildir. Günümüzde yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak kısa sürede ve düsük maliyetle polimorfik SSR markörleri gelistirilebilmektedir. Ayrıca bir türde tüm genom sekanslamasına baslayabilmek için ön dizi bilgilere gereksinim vardır. Bu nedenle, bu proje kapsamında yeni nesil sekanslama teknolojisini kullanarak antepfıstıgının genom yapısının ortaya çıkarılması, polimorfik SSR markörlerin gelistirilmesi ve SSR markörler ile ilk genetik haritaların olusturulması amaçlanmıstır. Yaklasık 40x yogunlukta elde edilen Illumina sekanslama ile antepfıstıgı genomunun yaklasık %37 GC içerdigi ve yüksek oranda heterozigot oldugu ortaya çıkmıstır. Üç antepfıstıgı çesidi (Siirt, Ohadi ve Bagyolu) ve bir adet atlantik sakızı genotipinde (Pa-18) yapılan yaklasık 10x yogunlugundaki sekanslamalar ile in silico olarak polimorfik 750 adet SSR lokusu belirlenmistir. Bu lokuslardan dizayn edilen primerler 18 antepfıstıgı çesidi ile 6 atlantik sakızı genotipinde test edilerek 625 adet polimorfik SSR lokusu gelistirilmistir. Gerek literatürdeki gerekse bu proje kapsamında gelistirilen SSR markörleri Siirt x Bagyolu türiçi F1 populasyonunda ve Siirt x Pa18 türlerarası F1 populasyonunda taranarak açılım gösteren SSR lokusları haritalanmıstır. Her iki populasyonda da ebeveyn haritaları ile birlikte, birlestirilmis ve sadece ortak markörlerle genetik haritalar olusturulmustur. Türiçi F1 populasyonunda birlestirilmis haritada 385 adet markör haritalanmıs, uzunlugu 1,511.2 cM ve markörler arası mesafe 3.9 cM olmustur. Siirt x Pa-18 F1 populasyonunda ise 386 markör haritalanmıs, uzunlugu 1,486.1 cM olarak hesaplanmıs ve markörler arası mesafe 3.9 cM olarak belirlenmistir. Ortak markörlerle olusturulan genetik haritada ise türiçi populasyonunda 273 adet, türlerarası F1 populasyonda ise 203 adet ortak markör haritalanmıstır. Her iki genetik haritada da haritalanan markör sayısının 148 adet oldugu belirlenmistir. Böylece bu proje kapsamında toplamda 623 adet farklı SSR markörü haritalanmıstır. Bu proje kapsamında gerek yeni gelistirilen markörler gerekse olusturulan genetik haritalar antepfıstıgında bundan sonra yapılacak birçok genetik çalısmanın altyapısını olusturacaktır.
Açıklama
15.03.2017
Anahtar Kelimeler
SSR, Yeni nesil sekanslama, Genetik haritalama, Antepfıstıgı
