Yazar "Bayraktar, Harun" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 1 / 1
  • [ X ]
    Öğe
    Nohut'ta (Cicer arietinum L.) Yanıklık (Ascohyta rabiei) Hastalığıyla İlişkili miRNA'ların Yeni Nesil Dizileme Sistemi ile Belirlenmesi
    (2021) Hacızade, Murtaza; Bayraktar, Harun; Bhattı, Khalıd Mahmood Khawar; Yıldız, Ayşe; Yıldırım, Mehmet Uğur; İnal, Behcet
    Nohut (Cicer arietinum L.), dünya da yemeklik tane baklagil üretiminin üçte birini oluşturan önemli üründür. Nohut özellikle kuru tarım alanlarında gıda güvenliği tehdidi sonucu olarak ortaya çıkabilecek, yetersiz beslenme sorunlarının çözüm seçeneği olabilme noktasında önem arz etmektedir. Ancak, nohut yetiştiriciliğinde ekilişi sınırlayan, verim ve kaliteyi kısıtlayan fungal etmenlerin başında gelen yanıklık (Ascohyta rabiei) hastalığı bitkinin biyolojik tüm süreçlerini büyük ölçüde etkilemekte ve %100 varan verim ve kalite kayıplarına yol açabilmektedir. mikroRNA?ların (miRNA) gen regülasyonunda önemli derecede rol oynayan aktörler olduğunu göstermektedir. Bu çalışmada, yüksek verimli dizileme teknolojisi kullanılarak nohutta yanıklık hastalığı ile ilgili miRNA'ların yeni nesil dizilim teknolojisi kullanılarak A. Rabiei patotip II hastalık etmenine karşı, hassas (ILC 1929) ve dayanıklı (ILC 3279) genotiplerinde 24 saat patojen uygulaması sonrası dizileme işlemi yapılmıştır. Elde edilen biyoinformatik analiz sonuçlarına göre 12 kütüphanede toplam 239439 benzersiz okuma elde edilmiş ve bunların arasında 631 tanımlı aday miRNA (known miRNA) ve 58 yeni (Novel) miRNA olduğu tespit edilmiştir. Söz konusu korunmuş ve yeni miRNA?ların DEGs analizi sonucuna göre 2?si yeni olmak üzere toplam 29 miRNA?nın ifade seviyelerinde farklılık tespit edilmiş ve hastalık stres faktörü ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. İfade seviyelerinde farklılık bulunan miR166b, miR5232, miR159a, miR1509b, miR160a-3p, miR6478 ve miR2118b-5p diziler tüm bitki kütüphanelerinde izlenir iken geriye kalan 21 miRNA hastalık stres faktörüne karşın genotipe spesifik olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca dizileme analizi sonucunda ifade seviyelerinde farklılık bulanan miRNA?lardan rastgele seçilen 10 miRNA?da Poli(A) tabanlı qRT-PCR (Kantitatif gerçek zamanlı PCR) platformu kullanılarak validasyon işlemi gerçekleştirilmiş ve 8 miRNA?nın ifade profili,miRSeq verisini teyit etmiştir.. Ardından ifade seviyelerinde farklılık gösteren korunmuş ve yeni miRNA'ların potansiyel hedef transkriptlerin gen ontolojileri tahminleri ise dizi homolojileri esas alınarak belirlenmiştir. Bulunan gen fonksiyonları arasında: stres yanıtı, transkripsiyon faktörler, kinaz genleri vb. hastalık etmeni ile ilişkili olan transkriptlerin olduğu tespit edilmiştir.